“招安？你说的是‘招安’吗？”林飞惊讶地问道，他第一次听说“招安”这个词是在《水浒传》里，后來才知道“招安”是指一个国家用笼络收买的手段使贼匪之类的不合法组织投降，现在清廷要招安自己，那不是把自己当成贼寇了吗？
山行高贺熟谙中华文化，对林飞的惊讶与疑惑了然于胸，笑道：“林飞先生您一刀一枪打下了今天的基业，清廷却把您当成贼寇，是不是觉得很荒唐啊？其实沒什么好意外的，比这更荒唐的事情清廷都干过。”
山行高贺说完便笑了起來，林飞想了想说道：“邓管带不过是我的上级罢了，这样就想让我束手就擒吗？清廷到底是怎么想的？”
山行高贺面色一沉，说道：“邓管带可不光是你的上级，你原來是孤儿，十來岁的时候流落街头，是邓管带把养大的，说邓管带是你的父亲也不为过，怎么？你不知道这些事情？”
山行高贺的眼中满是惊讶，他不知道的是，林飞比他还惊讶呢，林飞在心里默默地骂道，我和邓世昌还有这层关系吗？刘大明他们怎么沒告诉过我？
林飞急忙遮掩：“在黄海海战的时候我的脑袋受过伤，对以前的事情不太记得了。”
山行高贺“哦”了一声，眼神里还充满怀疑，林飞急忙岔开话題，说道：“你为什么要告诉我这些？”
山行高贺耸耸肩膀，笑道：“我告诉您这些，是向您展示我们日本帝国的诚意，在东亚，清国将是我们共同的敌人，我们的敌人还有俄国人，我现在每次往北面看，都能看到老毛熊的影子。”
林飞微微笑了笑，他深谙“沒用永恒的敌人，沒有永恒的朋友，只有永恒的利益”这个道理，以后和日本结盟，也不是全无可能。
山行高贺站起身來，笑道：“两件事情都说完了，我要回去了，您是一个可怕的对手，就我个人而言，不想再和您作对了。”
好听的话永远是最廉价的，林飞听到山行高贺的话并沒有增加对他的好感，只是简单地笑笑，冲门口做了个“请”的手势，说了声“不送”，山行高贺笑着转身往外走，让林飞沒想到的是，山行高贺走到门口又回來了，对林飞笑道：“邓世昌來的时候，小心小霜。”
林飞一愣，问道：“小心她做什么？”
山行高贺笑了笑，说道：“邓世昌是致远舰舰长，又是清廷的人，以小霜的性格，恐怕不会放掉这么好的报仇机会。”
林飞随口说了声“多谢”，送山行高贺出去，等山行高贺一走，林飞就开始琢磨应对邓世昌的事情，邓世昌來了肯定要说招安的事情，我现在的部下有三批人，第一批是致远舰水兵，第二批是从日本解救的步兵，第三批是在南洋收拢的人马。
这三批人里面，第三批人对邓世昌个人毫无好感，对清廷的招安自然不感兴趣，可是不用担心，第二批人应该沒几个人听过邓世昌，虽然邓世昌在自己的时代很有名，可是在这个时代，他不过是个副将，清国的副将多了去了，邓世昌对他们也毫无诱惑力。
第一批人恐怕是对邓世昌的招安最无力抵挡的人，这些人包括余锡尔、刘大明、孙勇、马成风，还有四名水兵，被自己留在炎黄城的海军军官军校任教了，邓世昌的个人魅力很强，这些人很有可能被他“诱拐”到清廷那边去，他们都是舰队的骨干，绝不能让他们被清廷招安走。
林飞于是发出命令，调这四个人回來，到11月22日，台北和基隆的日军全部撤走，由于日本刚刚进入台湾不久，所以沒有多少民间势力进入台湾，台湾于是便沒有了日本人。
林飞把指挥部搬进台北，台北曾经是台湾最大的城市，颇为繁华，1885年的时候，台湾建省，首任台湾巡抚刘铭传将巡抚衙门设在台北，到1894年，时任台湾巡抚邵友濂将省会搬迁至台北，台北逐渐成为台湾的政治中心。
林飞为了不刺激清廷，沒有立刻宣布台湾解放，而是低调地在台北和基隆贴出告示，安抚民心。
林飞的改革工作也在踏踏实实地进行，首先改革的就是土地制度，此时的台湾有官田和私田，官田就是原本属于清廷的国有土地，这些土地自然被林飞收为己有，私田则区别对待，把地主的土地分给少田的农户和无田的佃户，稍微富裕一点的农民允许其自留土地。
台湾的各个部族也有土地，这些土地被清廷称为“番田”，林飞首先取缔了“番田”这个称呼，严禁以“番”这个词称呼各个部族，然后允许各个部族自行处置自己的土地。