皇太极率军包围南汉山城，以部分蒙汉八旗围困城池，再以岳托、豪格和三顺王阻击可能到来的高丽援军。
三顺王强大的火器同满八旗精锐铁骑配合默契，屡败高丽援军。围城清军伐木列栅，把南汉山城围得铁桶一般，连一只苍蝇都飞不出去。
困守孤城的仁祖和世子粮草断绝，高丽人不得不杀马充饥。
崇德二年正月，高丽援军从全罗道、忠清道赶来，同清军展开了血战。这一场战役是清军入朝以来打得最惨列的一场战役，高丽人以火器兵和弓箭手进攻配合步骑进攻。清军将领扬古利、达兰、僧锡、鄂海，特穆尔，弼雅达、阿纽、都敏等人阵亡，三顺王的火器军也遭到了不小的损失，可是高丽人最终未能挽回败局，被清军击溃。
获胜的清军趁机追杀高丽人，把整个半岛南部都洗劫了一番，掳到人口三十余万人，但是金银财宝、粮食牲口却极少，因为早被郑芝龙洗劫过一番了，清军只能捡一点郑家军漏下的东西，数量不多，缴获少之又少。
“得黄金一千两，白银三万两，珠宝三箱，粮食六千石，牲口八千头……”岳托手里拿着清单，向皇太极禀报南下清军劫掠所得。
皇太极眉头拧成一团：这个什么国家啊，也穷得太不像话了吧？前几年岳托和多尔衮入宣大劫掠，宣大已经是够穷了，而且大明还早就处心积虑做了准备，仅仅大同一带劫得的金银财宝就比朝鲜整个国家都要多得多。
“皇上，高丽确实太穷了。”岳托念完清单，低声补充了一句。
皇太极笑了：“掳得三十万人口，便是最大收获！这些人带回辽东，全部充为阿哈。只要有人，还怕什么东西造不出来？有了人，就有粮食，有武器，有火药。”
被困汉南山城的仁祖见到援军被击败，被迫派人出城求和。
数日之后，仁祖率全城军民投降。
至此，朝鲜彻底沦为大清藩国。
崇德二年二月，大获全胜的皇太极带着十二万清军班师回朝，带回了俘虏三十万人，劫掠的金银财宝、牛马猪等牲口，浩浩荡荡离开朝鲜返回盛京。
不过同真实历史上相比，大明的危机减少了不少，高丽水师被全灭，所有船场都被摧毁，清军已经无力攻击皮岛。另外最重要的一点是，王妃、王子、群臣家眷都被接去了耽罗岛。
尽管知道朝鲜王妃、王子和群臣家眷都被人接到了耽罗岛，可是大清已无水师可用，无法登陆远离陆地，海面又不会结冰的耽罗岛。多尔衮等人提议，要让仁祖交出人来，但是皇太极又不敢把仁祖威迫太紧了，只能提出让世子去盛京为质，并令仁祖交出坚决抗清的尹集、吴达济和洪翼汉三人，把这三人押往盛京处死。同时，皇太极还把坚决反清的金尚贤和主张议和的崔鸣吉都给押到盛京关押。
由于次子李淏未落入后金手里，这时候大明其实还有机会，当宣布仁祖交给满清的国印作废，令赐国印给李淏，以耽罗岛当成朝鲜的反清基地。事实上朝鲜虽然被迫投降，但是军民的心还是在大明这边，只要崇祯敢于废仁祖，立李淏，高丽人自己都不会认同仁祖为正统，只会认大明皇帝册封的李淏。
紫禁城，朝堂上正为了是否废除仁祖国主，废世子，立李淏为国主一事争论不休。
次辅钱士升道：“陛下，朝鲜国主已经投降建奴，背叛我大明，把我大明赐予的国印都交给了建奴！陛下当昭告天下，宣称原有的朝鲜国印作废，新赐国印给次子李淏。”
翰林侍读学士黄道周却站出来反对道：“陛下，万万不可！若我大明立李淏为朝鲜国主，建奴必杀仁祖极世子！朝鲜乃心向我大明，伪清帝皇太极登基，朝鲜遣使怒斥虏酋皇太极，方遭此大难。大明岂可让忠于我大明的藩国国主惨遭建奴毒手？”