施琅虽是一员水师名将，而且淮军水师军官大部分都是原郑家军水师成员，可是淮军水师的水兵，水战的水平却不如那些海盗。结果双方在交战中，淮军的小船连连中弹，水师官兵伤亡不计其数。“我军位于下游，敌军顺流而下，我军不利啊。”李国栋道。
施琅笑道：“我军逆水未必不利；敌军顺流而下，未必就有利。他们顺流而下，一旦败了，跑都没地方跑。”
水战打了一小会儿，叛军水师在占上风的情况下却跑了。
“贼人占优，为何反跑了？”王全问道。
没等施琅回答，李国栋就先回答了：“贼人原本就是偷偷摸摸的晚上来偷袭，可是偷袭却失败了，再不跑，等我们组织好了，他们想跑就跑不掉了。”
“大帅英明，就是这个道理。”施琅道。
次日天亮了之后，淮军水师继续逆流而上，直奔赣州方向杀去。
这里距离赣州已经非常近了，沿途过去，为了防止在半途中遭到叛军偷袭，施琅令十多条巡逻小船和两条蜈蚣快船在前探路，两边岸上，还有李国栋派去的夜不收负责侦察。
淮军水师一路过去，罗明受的叛军水师小动作不断，叛军在江中放漂雷，让水雷顺流而下，给淮军水师制造麻烦。除了投下水雷之外，叛军水师还每天晚上来偷袭，虽然都没有得逞，可是也搅得淮军水师官兵夜间无法安心入睡。同时，罗明受还让高进库出动精锐家丁，沿着赣江两岸的山林一路搜索过去，企图消灭淮军的夜不收。
施琅不得不下令派遣小船清扫水雷，这就让淮军水师的进军速度降低了不少。从万安到赣州短短二百余里路程，淮军水师走了三天还没到。
要打赣州，必须水师获胜，才能利用赣江来运输辎重物资，运输攻城重炮。若是水师输了，就别想攻下赣州。
李国栋的淮军水师虽然有中西合璧式的大型战舰，可是那些战舰吨位大，吃水深，无法进入赣州附近，所以这次进入赣江的水师，只有一些蜈蚣快船、快蟹船、长舟、小舢板和轻型车船之类的小型战舰。还有一些小船扛大炮的内河炮舰，那些船适合对岸攻击，但不适合水战，所以只有水战打赢了以后，那些内河炮舰才能发挥作用。
淮军水师终于抵达了赣州附近，同罗明受的叛军水师展开了一场激战。
事实上双方水师实力相当，淮军水师的大型西式战舰无法进入赣州，能来的也就四一些小船和快船；对面的叛军水师因为要陆地运船的缘故，也只有小船和快船；战船数量上淮军水师占优，水兵战斗力方面，叛军水师占优，双方旗鼓相当。
淮军水师虽是逆水，可是在施琅眼里，逆水未必就是坏事。赣州一带的赣江水流急，顺流而下的叛军水师很容易出现船速过快而导致阵型混乱的现象，而逆流而上的淮军水师，在施琅的指挥下，始终保持整齐的队形，缓缓的逆流而上，向叛军水师接近。
反观叛军水师，叛军水师将领罗明受虽然也是一员擅长水战的将领，可是他是一名海盗，习惯了在海面上作战，在这种水流踹急的江面上打仗，还是第一次。结果叛军水师大小战船冲出来的时候，一下没有把握好阵型，有些船冲得太快了，有些船又慢了，导致阵型混乱，有不少船只孤军深入，冲入了淮军水师阵型内，结果遭到了群殴。
淮军水师缓缓逆流而上，事实上这些蜈蚣快船、桨帆船和小舢板的航速可以更快的，只是施琅没有下令全速航行，而是各船保持速度，维持住五点梅花阵的整齐阵型，一步步缓缓往上游推进。